Первый карманный секвенсер генома

Неплохо для первой попытки, однако недостаточно, чтобы сильно повлиять на рынок. Кажется, именно к такому выводу пришли ученые после первого публичного представления данных от «Миньон» — разработанного британской компанией «Oxford Nanopore Technologies» прибора для секвенирования ДНК, который имеет улучшенные характеристики и давно привлекает внимание ученых.

Компания имеет цель сделать «Миньон» первым коммерчески доступным секвенсером генома с технологией нанопоры, на создание которого ушло почти два десятилетия. Такой подход определяет основы ДНК, измеряя изменения электропроводности, которые возникают во время прохождения фрагментов ДНК сквозь биологический отверстие. «Oxford Nanopore» говорит, что приборы с нано будут более быстрыми и более дешевыми, чем существующие технологии секвенирования, и позволят ученым анализировать те области генома, которые невозможно увеличить — т.е. скопировать в многочисленные идентичные фрагменты для проведения анализа.

Сейчас «Миньон» в свободной продаже не встретишь. Но  Дэвид Джаффе, вычислительный биолог из кембриджского института (Broad Institute in Cambridge), штат Массачусетс, использовал данные от этого прибора и переданы компанией «Oxford Nanopore» для того, чтобы облегчить сборку генома двух бактерий: Escherichiacoli и бактерии из рода Scardovia, которая встречается в ротовой полости человека. Он представил свои результаты 14 февраля во время встречи «Advances in Genome Biology and Technology» в Марко-Айленд, Флорида.

«Это довольно милый прибор,- говорит Джаффе о «Миньон», размером и формой похожий к пачки жевательной резинки. — Мигают огоньки, вентилятор приятно гудит, есть возможность подключить к USB». Но с технической точки зрения отзывы довольно разные.

Уточнение данных

Средняя длина последовательностей, которые может обработать «Миньон» достигает 5,4 тыс. основ, некоторые — до 10 тыс. основ. Это больше, чем среднее число основ от современных ведущих технологий секвенирования, которые продает компания «Illumina» из Сан-Диего, Калифорния: они позволяют считать фрагменты ДНК длиной в несколько сотен основ. Однако половина фрагментов, считанных на «Миньон» в длину не достигают цели, анонсированной в 2012 году компанией «Oxford Nanopore».

Джаффе также заявляет, что «Миньон», похоже, имеет определенные проблемы с секвенированием определенных частей генома бактерий, которые он исследует. Это несколько беспокоит биоинформатиков, поскольку гораздо труднее исправить систематические погрешности секвенирования, чем случайные. В случае Джаффе, через постоянные погрешности он не смог собрать геномную последовательность двух бактерий с нуля, используя только данные от «Миньон»; вместо этого он использовал последовательности от «Миньон» для дополнения данных, создаваемых приборов от компании «Illumina».

Однако о будущем «Миньон» ученый говорит оптимистично. Компания «Oxford Nanopore» уже заявила, что ДНК высшего качества или другие методы подготовки должны улучшить среднюю длину прочитанных фрагментов. Джаффе говорит, что компания может работать над исключением погрешностей, возможно, используя разнообразные времени для различных свойств. Однако даже сейчас, говорит он, «Миньон» может читать довольно большие фрагменты без ошибок. Систематические погрешности — это «временное явление, которое, мы надеемся, скоро исправят».

Первые дни

Другие исследователи вскоре смогут составить личное впечатление об этот прибор, потому что 14 февраля компания «Oxford Nanopore» запустила программу раннего доступа». Исследователи, которые оплатят 1000 долл. США плюс 250 долл. США транспортных расходов могут получить собственный экземпляр «Миньон» и начать проверять его в своих лабораториях.

Однако Исаак Ро, аналитик из инвестиционного банка США «Goldman Sachs» — он был советником «Illumina» в 2012 году, когда компания отказалась от предложения о слиянии со швейцарским фармацевтическим гигантом «Roche» — назвал презентацию Джаффе « не слишком потрясающей». «Компания «Oxford Nanopore» кажется, до сих пор идет по пути роста и, по нашему мнению, вряд ли может представлять какую-то опасность, конкурируя с компанией Illumina», — сказал Ро в комментарии к исследовательской статьи.

Однако некоторые ученые считают, что «Миньон» способен навести шума на рынке секвенирования. Генетик Янов Эрлих из Института биомедицинских исследований им. Уайтхеда в Кембридже, Массачусетс, говорит, что небольшой, дешевый и портативный прибор «Миньон» с радостью будут приветствовать как замену громоздким и дорогим приборам для секвенирования, к которым привыкли ученые. Если компания «Oxford Nanopore» и дальше  будет улучшать технологию, говорит он, то станут реальными ряд невозможных сейчас приложений, например использование секвенсера за пределами лаборатории.
«Это напоминает мне первые дни компании «Illumina», когда самым большим нашим достижением были 36 пар оснований и даже они нас завораживали,- говорит Эрлих.- Я думаю, что надо дать компании немного больше времени».

28.04.2015

Поделиться в соц. сетях

Опубликовать в Google Buzz
Опубликовать в Google Plus
Опубликовать в LiveJournal
Опубликовать в Мой Мир
Опубликовать в Одноклассники

Добавить комментарий